Az Észak-Dunántúli Környezetvédelmi Felügyelõség 1992-tõl gyakorlatilag változatlan vízminõségi monitoring programmal kíséri figyelemmel a felszíni vízterek állapotát a Duna fõmedrében, a hullámtérben és a mentett oldalon egyaránt.
A térség felszíni vizeinek állapotát elsõsorban a Duna fõmeder vízminõségének alakulása határozza meg. A közismert hatótényezõkön kívül az egyik fõ tényezõ a hosszútávú, több mint 10 éve tartó javuló vízminõségi trend, ami elsõsorban a Duna szervesanyag szennyezettsége, az ammónia- és foszforterhelésére jellemzõ. Az okok ismertek, a Duna Magyarország feletti vízgyûjtõterületén végbement változások integrált hatása, elsõsorban a mûködõ és újonnan belépõ szennyvíztisztító kapacitások kedvezõ hatása.
Az 1. sz. ábrán a Duna 1848 fkm rajkai szelvényében a KOIp koncentrációk éves átlag és szórásértékei láthatók az utolsó 20 éves idõintervallumban. Az ábra a szervesanyag szennyezettség kedvezõ alakulását szemléletesen bizonyítja. Ugyanakkor az oxigénháztartás egyéb mutatói közül mind a Duna 1848 fkm rajkai, mind az 1806 fkm medvei szelvényében az oldott oxigén minimum értékeinek kedvezõtlen alakulása az 1995-ös évben is megfigyelhetõ. Az oxigéntelítettség átlag és maximum értékei az 1995-ös évben számottevõen nem változtak az elõzõ évek értékeihez viszonyítva. Az ökológiai szempontból kiemelkedõen fontos oldott oxigén telítettségi értékeket a Duna esetében elsõdlegesen nem a produkciós és bomlási folyamatok, hanem a fizikai hatások határozzák meg.
A növényi tápanyagok relatív szintjét vizsgálva a N : P mólarány a két szelvényben mért átlagos összes nitrogén és összes foszfor tartalom alapján 1995-ben a rajkai szelvényben 72,1 : 1 a medvei hídi szelvényben 76,5 : 1 volt. Az algaszaporodás szempontjából nitrogén felesleget mutat (ideális N : P mólarány 16 : 1). Megállapítható, hogy az ammónia és az oldott ortofoszfát koncentrációk is tovább csökkentek ill. az elõzõ évek szintjén maradtak. A Duna-víz nitrogénspektrumában domináló nitrát minimum átlag és maximum koncentrációk csökkentek az elõzõ évek értékeihez viszonyítva.
A vegetációs idõszak kezdetén az átlagos foszforkoncentráció 0,3 mg/l érték volt a Duna szigetközi szakaszán, ami 2-300 mikrogramm/liter klorofill-a tartalmú algabiomassza létrehozásához is elegendõ lenne, ezzel szemben az algatömeget reprezentáló klorofill-a koncentráció csúcsok további csökkenése volt megfigyelhetõ a Duna rajkai szelvényében. Az 1995-ös évben a maximumérték nem érte el az eutrofikus szintet. A Duna elterelését követõ 1993-as és 1994-es évben szigetközi Duna-szakaszon a vegetációs idõszakban az algaprodukció maximumokat mutató klorofill-a maximumkoncentrációk csökkenése volt megfigyelhetõ. Ez a jelenség az 1995-ös évben nem mutatkozott. Az algaprodukció mértékében szerepet játszó lebegõanyag koncentrációk alakulását vizsgálva sem a Duna rajkai sem a medvei szelvényében az idõbeni alakulást tekintve szignifikáns változás nem állapítható meg. A 2. sz. ábrán a Duna 1848 fkm szelvényében az 1992-96-os évekre bemutatott lebegõanyag koncentrációk idõbeni alakulása és a Duna 1848 fkm és 1806 fkm szelvényében mért éves maximális lebegõanyag koncentrációk 1989-1995 évekre vonatkozó különbségének idõbeni alakulása is azt mutatja, hogy az 1992-es év szignifikánsan eltér a többitõl, ami a szlovák oldali tározó építési munkáival hozható összefüggésbe.
A Mosoni-Duna mesterségesen átalakított vízellátásának a vízminõségre gyakorolt kedvezõ hatása még az 1995 évi vizsgálatok alapján sem mutatható ki.
A Mosoni-Duna Gyõr feletti szakaszán a víz trofitási szintjének alakulásában jelentõs szerepet játszik a vízi makrovegetáció, míg a Gyõr alatti szakaszon a mellékvízfolyások és közvetlen szennyvízbevezetések okozta bõséges tápanyagellátottság mellett a planktonikus eutrofizáció a meghatározó. Az oxigénellátottsági szint változatlanul labilisnek ítélhetõ, azonban kedvezõ, hogy az oldott oxigén koncentráció szélsõértékek differenciája az 1995-ös évben mindkét szelvényben csökkent. A hossz-szelvény menti jelentõs vízminõségromlás üteme a folyóba vezetett szennyvizek szervesanyag és tápanyag terhelésének csökkentése nélkül nem lassulhat.
A szlovák oldalról átadott vízmennyiség kisebb része a II. zsilipen nagyobb része pedig a I. sz. zsilipen keresztül a szivárgócsatornán vezetve kerül a szigetközi vízrendszerbe. Az 1995-ös évben a szlovák oldali tározóból az I. sz. zsilipen átlagosan átadott vízhozam és a szivárgóvízbõl adódó vízhozam aránya 10 : 1 ingadozott. A 3. sz. ábrán - amely a vízhõmérsékletek idõsorát mutatja - látszik a két víztípus eltérõ származása, a nyári idõszakban a tározóvíz a téli idõszakban a szivárgóvíz hõmérséklete mutat szignifikáns pozitív eltérést. A hõmérséklet eltérések szezonálisan az 5 C fokos értéket is meghaladják, ami már számottevõ szerepet játszik a különbözõ vízterekben végbemenõ biokémiai reakciók sebességének alakulásában. A 4. sz. ábrán az oldott oxigénviszonyok idõbeni alakulását tüntettük fel. Az évszakos periódicitás mindkét víztérben hasonló paraméterekkel jellemezhetõ. A szivárgóvíz lokális minimum koncentrációi azonban többször túllépik a vízi élõvilág számára vonatkozó 3 mg/l-es kritikus szintet. Említést érdemel, hogy az 1995-ös évben a szervesanyag és növényi tápanyag szennyezettség szempontjából nagyon tiszta szûrt szivárgóvíz az elõzõ évektõl eltérõen esetenként kiugró magas koncentrációértékeket mutatott.
A szigetközi hullámtér 1995. júniusától a Duna 1843 fkm-i fenékküszöb üzembehelyezése után átlagosan 100 m3/s vízpótlást kapott a vegetációs idõszakban, ami a hullámtéri vízpótló fõágban a Dunával közel azonos vízminõségi állapotok alakultak ki, fokozatosan megszûnt a korábbi idõszak mozaikos" vízminõségi jellege. A vízpótlással és a dunai visszaduzzasztással közvetlenül nem érintett területeken sem alakultak ki olyan szélsõséges vízminõségi állapotok mint a Duna elterelését követõ két évben. Az 5. sz. ábra az Ásványi ág (Hajózási Üzem elõtt) klorofill-a értékeinek alakulását mutatja, látható, hogy az algaprodukció maximális hullámainak mértéke csökkenõ tendenciát mutat, azonban változatlanul elõfordulnak politrofikus vízminõségi állapotok is.
A mentett oldali területeken az átlagosan 5 m3/s vízpótlás folyamatos volt 1995. évben is. Felsõ-Szigetközben a Kiliti-Cikolai ág vízminõsége a hidromorfológiai és meteorológiai körülményeknek megfelelõen a folyamatos vízpótlás mellett is az intenzív elsõdleges szervesanyagprodukció következtében esetenként szennyezett minõségû volt.
Az alsó-szigetközi csatornák vízellátását a mesterséges vízpótlás az 1995-ös évben sem érintette, ezért a korábbi évekhez képest a vízminõségük sem mutatott lényeges változást.