A Zala-folyó a tó legnagyobb tápláló vízforrása. A vízgyűjtő csaknem feléről (45,3%) gyűjti össze a csapadékot. Vízszállítása évi átlagban, másodpercenként 10 m3.

1922-ig a Zala-folyó Hídvégpusztánál még a Kis-Balaton mocsaras, ingoványos nádrenge-tegébe ömlött. A víz ott hetekig, hónapokig bolyongott. Kiülepítette hordalékát, szervesanyag-tartalmát elfogyasztotta a láp gazdag víziélet-közössége. Ezután megszűrve, megtisztulva érkezett a tóba. Amikor a Kis-Balatont elszakították a tó vízrendszerétől, egy csapásra megszűnt korábbi védő-szűrő tevékenység.

1991 szeptemberi helyzet:
"A Zala... az alsó szakaszon nagy volt a vízben élő szerves anyag mennyisége. A víz igen kevés oldott oxigént tartalmazott. Ezen a szakaszon az "a"-klorofill mennyisége alapján az eu-politrofikus kategória felső határértékeinek közelében lévő állapotot jelzett."
Ezen a gondon enyhítenek a kis-balatoni tározók.
Az I. sz. tározót 1986-ban adták át. Velencei-tó nagyságú. Üzembe helyezése óta észrevehetően javult a Keszthelyi-medence vízminősége.

A II. sz. tározó 55 km2-es. A tervek szerint 85 millió m3 vizet tárol.